Η Μαρία Κουφάκη είναι αριστούχος απόφοιτος του Τμήματος Βιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστήμιου Αθηνών (ΕΚΠΑ). Πραγματοποίησε πτυχιακή διπλωματική εργασία στο Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ) υπό την επίβλεψη της Καθηγήτριας Αικατερίνης Γαϊτανάκη και του Δρ. Δημήτρη Μπέη, όπου μελέτησε το ρόλο του οξειδωτικού στρες στη διαφοροποίηση του μυοκαρδίου χρησιμοποιώντας κυτταρικές σειρές και το ζωικό μοντέλο zebrafish. Με την ολοκλήρωση των προπτυχιακών σπουδών, εντάχθηκε στο εργαστήριο του Δρ. Κωνσταντίνου Αμπατζή στο Karolinska Institutet στη Σουηδία για τετράμηνη πρακτική άσκηση στο πλαίσιο του προγράμματος Erasmus+ (Mobility for Traineeships). Σήμερα συνεχίζει την εκπαίδευση της μετέχοντας στο πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών «Moριακή Βιοϊατρική: Μηχανισμοί Ασθενειών, Μοριακές και Κυτταρικές θεραπείες, και Βιοκαινοτομία», το οποίο εισηγείται η Ιατρική Σχολή του ΕΚΠΑ σε συνεργασία με το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών Αλέξανδρος Φλέμιγκ. Εκπονεί εργαστηριακή πρακτική άσκηση με την ερευνητική ομάδα της Δρ. Αντιγόνης Δήμα στη μελέτη FastBio.